Por Carretera Austral 7 desde el Norte y desde el Sur .
Pasos fronterizos con la República Argentina
Paso Internacional de Coyhaique Alto
a 45 km. al N.E. de la ciudad de Coyhaique, accede a las localidades Argentinas de Río Mayo y Comodoro Rivadavia.
Paso Internacional de Balmaceda
a 55 km. al S.E. de la ciudad de Coyhaique, permite llegar a las localidades Argentinas de Lago Blanco, Río Mayo, Perito Moreno, Las Héras y Comodoro Rivadavia.
Paso Fronterizo Chile Chico
a 4 km. al E. de la ciudad de Chile Chico y a 345 km. de Coyhaique. Comunica la localidad de Chile Chico con los pueblos de Los Antiguos y Perito Moreno formando circuitos turísticos integrados con Chile.
Paso Interregional La Junta
se ubica a 269 km. al N. de la ciudad de Coyhaique. Por el transitan los flujos de pasajeros provenientes de la región de Los Lagos, vía Camino Austral.
En barco:
Se realiza por Puerto Chacabuco, principal puerto de la región, a 82 km. al N.E. de la capital regional Coyhaique, se comunica con ella a través de ruta pavimentada.
En avión:
Es lo más frecuente y eficiente para ingresar a la región, y está constituido por los siguientes aeropuertos:
Aeropuerto de Balmaceda: se ubica a 55 km. al S.E. de la ciudad de Coyhaique.
Aeródromo Teniente Vidal: se ubica a 7 km. al S.O. de la ciudad de Coyhaique.
(*) Necesitan salvo conducto de Policía Internacional y aduanas para vehículos.
(**) Servicio de Aduanas, SAG y Policía Internacional en meses de Verano.
Distancias desde Puerto Aysen a:
Ancud 719 km
Castro 407 km
Coihaique 65 km
Cochrane 403 km
Chaiten 357 km
Chile Chico 458
El Maiten 344 km
Frutillar 645 km
Llanquihue 626 km
Osorno 735 km
Panguipulli 851 km
Pucon 934 km
Punta Arenas 1645 km
Puerto Ibañez 168 km
Puerto Montt 626 km
Puerto Natales 1588 km (ruta mas segura)
Puerto Octay 668 km
Puerto Porvenir 293 km
Puerto Varas 619 km
Quellon 854 km
San Martin de los Andes 1256 km
Santiago de Chile 1642 km
Temuco 965 km
Valdivia 836 km
Villarica 941 km