Se ubica frente a la plaza de la ciudad de Castro, capital de la Isla Grande.
Data de 1567, cuando se alzó el primer templo que se conoció como Apóstol Santiago y se constituyó en el centro de la evangelización de la población del archipiélago.
Sufrió incendios y destrucciones hasta que en 1912 se levantó la actual iglesia de San Francisco de Castro, una de las más imponentes de la isla. Su diseño es de un arquitecto italiano y responde a un estilo neogótico, con tradición constructiva local. Fue restaurada para consolidar la estructura de las torres por la Fundación Amigos de las Iglesias de Chiloé.
Su fiesta patronal de San Francisco se realiza el 4 de octubre.