El parque alberga el cristalino lago Puelo y en él habitan especies en peligro de extinción como el pudú y el huemul. La reserva protege un entorno natural único y está en contacto con la frontera argentino-chilena.
Antes de 1971 la reserva del lago Puelo formaba parte del parque nacional Los Alerces, como anexo. En ese año se concretó su nacimiento como parque nacional, con características únicas en la Patagonia. Para entender cuáles son las características que lo hacen especial hay que saber que se encuentra a escasa altura sobre el nivel del mar (unos 200 metros) y que su formación geológica y geografía permite un clima excepcional. Ello hace que su flora y fauna tengan un desenvolvimiento armónico con un clima más benigno que el de otros parques patagónicos. El color turquesa del lago se debe a los sedimentos que le proporcionan los campos glaciares y ventisqueros que se encuentran en las nacientes de los ríos Turbio, Azul y Epuyén. Finalmente, el lago desemboca en el océano Pacífico a través del río Puelo y sus rápidos. Los cerros Tres Picos y Vanguardia con sus glaciares colgantes se encargan de dar contención a las aguas de este lago de ensueño.
En esa zona, la selva valdiviana chilena ingresa al territorio argentino, donde se desarrollan sistemas boscosos húmedos que incluyen la presencia de alerces, coihues y otras especies de follaje perenne. Los faldeos de la cordillera están alfombrados por un verde brillante a lo largo del año hasta la misma costa del lago. Ello produce un microclima que hace que en los veranos la temperatura ambiente sea alta; el espejo del lago permite excelentes días para la playa y la práctica de deportes acuáticos.
Una especie arbórea propia y muy apreciada del sector es la patagua o pitra, que es allegada de los arrayanes y conforma una red intrincada que no permite el paso dentro del bosque. Su tronco es rugoso y tiene un aspecto distinto al de otros ambientes patagónicos, lo cual le da un aire muy especial. El parque también es refugio para el huemul, una de las especies en peligro de extinción de la Argentina. Declarado monumento natural, este cérvido tiene su población más importante en el parque nacional Lago Puelo. Se puede caminar por los distintos senderos y descubrir pequeñas playas de arena fina y aguas transparentes; una experiencia fascinante. Existen distintos circuitos que pueden exigir desde media hora hasta varios días de caminata.
El parque nacional también permite la realización de cabalgatas guiadas, paseos lacustres hasta Los Hitos y pesca deportiva. Existe un reglamento de pesca y es imprescindible contar con un permiso y equipo adecuado para probar suerte en ríos y lago. El área recreativa se encuentra en la cabecera norte del lago, donde hay un sector de parrillas para uso diurno. En temporada junto a la intendencia del parque nacional hay un puesto de información, confitería con sanitarios y dos
campings, uno agreste y otro organizado.